Toda la historia del Metal Gear se remonta hasta el 1987, cuando un magnifico genio llamado Hideo Kojima, nacido en Japón, tuvo una magnífica idea para la compañía en la que trabajaba llamada "Konami". Esa simple idea hizo que Kojima se hiciera de oro y que sus ideas valieran millones. Su idea se llamaba "Metal Gear" y se trataba de un juego de espionaje y acción donde primeramente ayudábamos a un joven, ansioso y novato soldado de élite llamado Solid Snake. Principalmente, el nombre de Metal Gear venía de un arma bípeda capaz de llevar material nuclear, invisible al radar y casi imposible de abatir. La historia se remonta en 1995, en el interior de Sudáfrica. Outen Heaven era una fortaleza fundada por el legendario mercenario. Las naciones occidentales han descubierto que dentro de Outen Heaven se esta creando un arma para la destrucción de masas llamada Metal Gear, y que este arma podría llevar y lanzar cabezas nucleares.
Los países de occidente han solicitado que la unidad de fuerzas especiales high-tech Fox Hound se encargue de la situación y la controle. Big Boss, comandante en jefe de la unidad Fox Hound envía a Gray Fox, el nombre en clave "FOX" que se le otorga al mejor miembro de la unidad que ha habido jamás. La misión que iba realizar sería denominada como "Operación Intruso N313". Al cabo de unos días y sin noticias de Gray Fox, su último mensaje fue "Metal Gear...." y desapareció.
Big Boss se tomó muy en serio la desaparición de Gray Fox y decidió enviar a Solid Snake, que acababa de unirse a la unidad Fox Hound como el agente destinado para la misión. Tras infiltrase con éxito nadando y sin ser descubierto en Outen Heaven, Snake se puso en contacto con los miembros de la resistencia local Schneider, Diane y Jennifer. Gracias a su ayuda, Snake pudo rescatar al desparecido Gray Fox, que estaba preso en al fortaleza. Cuando Snake se encontró con Gray Fox, el explicó los horripilantes hechos acerca de Metal Gear… Metal Gear era el nombre del desarrollo de un tanque bípedo andante equipado con cabezas nucleares. Un amasijo gigante de hierros capaz de caminar incluso sobre el terreno más abrupto, por donde jamás pasarían los tanques normales. Puede llevar a cabo ataques locales por sí solo, con armas únicas, como su devastador y potente cañón Vulcan y mísiles anticarro. De hecho, Metal Gear era un nuevo tipo de arma capaz de hacer ataques nucleares a cualquier lugar de la superficie del planeta desde cualquier lugar de este. Con dicha máquina, Outen Heaven pretendía establecer su superioridad militar sobre todo el mundo. Para que Snake pudiese acabar con el Metal Gear, necesitaba toda la ayuda posible de su ingeniero.
Elena y su padre, el ingeniero del Metal Gear, el Dr. Pettrovich, estaban retenidos en Outer Heaven contra su voluntad para obligar al Doctor a crear el Metal Gear. El Dr. Pettrovich le explicó a Snake cómo destruir a Metal Gear, sin embargo, mientras Snake se acercaba al centro de Outer Heaven y mas cerca de acabar con Metal Gear, se habían colocado trampas muy bien diseñadas a su alrededor como si todas sus acciones hubiesen sido filtradas por el enemigo. En medio de una batalla cada vez mas intensa y dura, el líder de la resistencia, Schneider, ha caído en manos del enemigo, y el mismo Snake resulta herido gravemente en duros combates con los mejores mercenarios de Outer Heaven. Pero el espíritu de lucha de Snake, le dio ánimos y le condujo al sótano del piso número 100 de la base secreta en la que Metal Gear estaba siendo desarrollado.
Evitando el poderoso sistema defensivo que acabó con todos los intrusos que se habían intentado infiltrarse en la fortaleza anteriormente, al final, Snake consigue acabar con Metal Gear. Tras finalizar con éxito su misión, Snake intentaba escapar de Outer Heaven, sin embargo, durante la huida se encontró con un hombre muy conocido, el comandante en jefe Fox Hound, Big Boss. Big Boss se burló ante el sorprendido y confuso Snake, y le contó el verdadero sentido de su misión. Al mismo tiempo que Big Boss servía como comandante en jefe de Fox Hound, también dirigía una compañía de mercenarios asesinos utilizando sus contactos y capital de sus años como mercenario. Estaba planeando hacer de esta compañía una fuerza militar aún mayor, y fundó Outer Heaven como su base.
La intención de Big Boss al enviar al novato de Snake a Outer Heaven era crear una confusión en contra de Occidente. Pero, lamentablemente para él, Big Boss calculó mal las cosas, nunca se pudo imaginar que Solid Snake llegaría tan lejos. Tras perder el gran arma nuclear Metal Gear, Big Boss activo el sistema de autodestrucción de la base. Mientras continuaba la cuenta atrás de la autodestrucción, el grito de Big Boss resonó en el vació "Has ido demasiado lejos. Demasiado Lejos" Dentro de la base, luchaban dos hombres sin ideologías políticas ni nada que perder. Outer Heaven empezó a arder, las llamas se elevaban hacia el cielo. Mientras, Outer Heaven se desplomaba poco a poco, dejando completamente sólo a Solid Snake, con su indignación de no haber podido acabar con Big Boss, su nuevo enemigo.
